Pada penggunaannya, secara umum perangkat lunak metode elemen hingga memiliki tiga tahapan utama, yakni :
1. Prepocessing,
Pada tahap ini pengguna membuat model yang menjadi bagian untuk dianalisis yang mana geometri tersebut dibagi-bagi menjadi sub-bagian-sub-bagian yang terdiskritisasi atau disebut “elemen”, dihubungkan pada titik diskritisasi yang disebut “node”. Node tertentu akan ditetapkan sebagai bagian melekat yang kaku (fix displacement) dan bagian lain ditentukan sebagai bagian kena beban (load).
2. Analysis
Pada tahap ini data-data yang dimasukkan pada tahap preprocessing sebelumnya akan digunakan sebagai input pada code elemen hingga untuk membangun dan menyelesaikan sistem persamaan aljabar linier atau non linier.
k . (x) = F (2.1)
dimana x dan F merupakan displacements dan gaya luar yang diberikan pada suatu titik. Informasi matrix k tergantung pada tipe persoalan yang sedang terjadi, dan modul akan mengarah pada pendekatan analisis truss dan tegangan linier elastis. Perangkat lunak berbayar sudah memiliki kemampuan lebih yang mampu menyelesaikan banyak tipe persoalan.
3. Post-processing
Menampilkan hasil akhir setelah penganalisisan oleh modul penganalisis dengan menampilkan data displacements dan tegangan pada posisi bagian yang terdiskritisasi pada model geometri. Post-processor biasanya menampilkan grafis dengan kontur warna yang menggambarkan tingkatan tegangan yang ternjadi pada model geometri. (Saeed Moaveni, 1999) Perangkat lunak metode elemen hingga ada yang merupakan perangkat lunak berbayar (commercial FEA software) dan ada pula perangkat lunak yang tidak berbayar (free FEA software).