Kriptografi mempunyai sejarah yang panjang. Informasi yang lengkap mengenai sejarah kriptografi dapat ditemukan di dalam buku David Kahn yang berjudul The Codebreakers. Dalam bukunya David Kahn menulis penggunaan kriptografi oleh Bangsa Mesir 4000 tahun yang lalu (berupa hieroglyph yang tidak standard pada pyramid) hingga penggunaan kriptografi pada abad ke-20.
Kalangan gereja pada awal agama Kristen menggunakan kriptografi untuk menjaga tulisan religius dari ganguan otoritas politik atau budaya yang dominan saat itu yang sangat terkenal adalah “Angka si Buruk Rupa” (Number of the Beast) di dalam Kitab Perjanjian Baru.
Sejarah kriptografi sebagian besar merupakan sejarah kriptografi klasik yaitu metode enkripsi yang menggunakan kertas dan pensil atau mungkin dengan bantuan alat mekanik sederhana. Secara umum algoritma kriptografi klasik dikelompokkan menjadi dua kategori, yaitu algoritma transposisi (transposition cipher) dan algoritma substitusi (substitution cipher). Cipher transposisi mengubah susunan huruf-huruf di dalam pesan, sedangkan cipher substitusi mengganti setiap huruf atau kelompok huruf dengan sebuah huruf atau kelompok huruf lain.
Kriptografi modern dipicu oleh perkembangan peralatan komputer digital. Tidak seperti kriptografi klasik yang mengenkripsi karakter per karakter (dengan menggunakan alfabet tradisionil), kriptografi modern beroperasi pada string biner. Kriptografi modern tidak hanya memberikan aspek keamanan confidentially, tetapi juga aspek keamanan lain seperti otentikasi, integritas data dan nirpenyangkalan.
